Oxford Nanopore開發(fā)連接智能的納米孔測(cè)序儀

訊

牛津納米孔技術(shù)公司透露，正在開發(fā)一種連接智能使用的納米孔傳感器，用于DNA測(cè)序和其他應(yīng)用中。公司還對(duì)其他研發(fā)中的新產(chǎn)品進(jìn)行了介紹。另外，該公司成立了一家分公司，名為GenomeFoundry，關(guān)注合成生物學(xué)的應(yīng)用。

開發(fā)連接智能使用的納米孔儀器SmidgIon

公司首席技術(shù)官CliveBrown透露，這款新型納米孔儀器稱作SmidgIon，正處于早期研發(fā)階段，預(yù)計(jì)在2017年末可以投入使用。該產(chǎn)品同樣將使用應(yīng)用于MinIon和PromethIon儀器的核心納米孔傳感技術(shù)，但是該儀器將比MinIon更小，每個(gè)flowcell中有256個(gè)channel，可以連接到智能上或者其他低功率儀器上，用于感應(yīng)DNA、RNA或蛋白質(zhì)。

據(jù)公司透露，SmidgIon可應(yīng)用于更加廣泛的領(lǐng)域，包括疾病爆發(fā)中的病原體監(jiān)測(cè)，分析環(huán)境樣本或者農(nóng)業(yè)樣本，對(duì)于野生動(dòng)植物或木材進(jìn)行實(shí)時(shí)物種鑒定。

其他正在開發(fā)中的產(chǎn)品

Brown說，另一個(gè)處于早期研發(fā)階段的產(chǎn)品稱作ProjectZumbador，該產(chǎn)品將生物學(xué)樣本的核酸提取和文庫(kù)制備結(jié)合但是每種制品所要求的材料特性不1到一個(gè)設(shè)備中，將在第三季度發(fā)布。

公司同時(shí)還在研發(fā)MinIon和PromethIon上直接進(jìn)行RNA測(cè)序的kits，這項(xiàng)產(chǎn)品計(jì)劃在接下來的幾個(gè)月內(nèi)提供給。公司表示，該產(chǎn)品可利用adapter和馬達(dá)蛋白控制RNA移位，指導(dǎo)RNA進(jìn)入納米孔。Oxford使用這種方法已經(jīng)對(duì)來自人類鼻病毒的RNA進(jìn)行了測(cè)序，并表示直接進(jìn)行RNA測(cè)序可以檢測(cè)到RNA上的甲基化修飾。

另外一個(gè)產(chǎn)品VolTrax是一款樣本制備儀器，將在今年秋天提前供應(yīng)給目前使用Oxford納米孔測(cè)序平臺(tái)的客戶。公司表示，便于操縱首批發(fā)布的儀器VolTrax將依附在一個(gè)小型USB儀器上，然后附著于MioIon或者PromethIon儀器上。

OxfordNanopore同樣還計(jì)劃不久后實(shí)現(xiàn)進(jìn)口下滑其實(shí)不意味著國(guó)外裝備使用率降落MinKonw平臺(tái)堿基識(shí)別軟件的本地使用。

臺(tái)PromethIon近期已經(jīng)出貨

Brown說，臺(tái)PromethIon近期已經(jīng)出貨給客戶了，他還展示了該平臺(tái)的一些內(nèi)部數(shù)據(jù)，共使用了48個(gè)flowcell，每個(gè)flowcell中含有3000個(gè)channel。使用R9試劑，每個(gè)納米孔每秒測(cè)序250個(gè)堿基，準(zhǔn)確率和小孔利用率都與MinIon一致。該系統(tǒng)目前的性能是運(yùn)行48小時(shí)產(chǎn)生6.2Tb數(shù)據(jù)，將來會(huì)進(jìn)一步增加至12.4Tb。根據(jù)Brown的報(bào)告，公司目前正在調(diào)試軟件用于控制大型數(shù)據(jù)集的堿基實(shí)時(shí)識(shí)別，優(yōu)化芯片表面化學(xué)試劑以及生產(chǎn)流程，并開發(fā)一種快速的堿基識(shí)別程序。

全部使用新型納米孔R(shí)9

除此之外，Brown表示，OxfordNanopore已經(jīng)不再出售R7納米孔的flowcell，現(xiàn)在已經(jīng)全部替換成R9納米孔的flowcell，R9即CsgG，近得到比利時(shí)VIB研究所和倫敦大學(xué)學(xué)院授權(quán)。Brown補(bǔ)充道，新型的flowcell還整合了堅(jiān)固的膜和一個(gè)更新的解旋酶馬達(dá)蛋白。公司使用新的flowcell測(cè)序得到的長(zhǎng)讀長(zhǎng)為500kb，目前主要關(guān)注于提升通量和同聚物識(shí)別能力。

公司在一份聲明中指出，R9系統(tǒng)具有更高的準(zhǔn)確率，尤其是對(duì)于1Dreads，這種reads僅讀取DNA的一條鏈。新型堿基識(shí)別軟件不同于以往的隱馬爾可夫模型，它是基于神經(jīng)絡(luò)模型，進(jìn)一步提升了準(zhǔn)確率。R9型flowcell測(cè)序時(shí)，每個(gè)納米孔每秒測(cè)序250個(gè)堿基，而R7型每秒多測(cè)定70個(gè)堿基，因此公司表示換用R9型flowcell后MinIon將產(chǎn)出更多的數(shù)據(jù)。Brown說，目前1Dreads的準(zhǔn)確率為90，2Dreads準(zhǔn)確率為95。

與R9型flowcell配套，公司正在推出一種快速測(cè)序kit。用該kit建庫(kù)只需要10分鐘，而且使用的耗材比以前更少，MinIon運(yùn)行開始后馬上進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。公司聲明中表示，目前許多早期客戶正在測(cè)試這款快速測(cè)序kit，它將很快推出市場(chǎng)。

成立分公司GenomeFoundry

Brown后提到了OxfordNanopore的一家新的分公司GenomeFoundry，該公司旨在開發(fā)一種用于合成生物學(xué)的MinIon，使用專有的、非亞磷酰胺的DNA合成試劑。公司的目的是為了使用類似于VolTrax的儀器開發(fā)長(zhǎng)鏈DNA分子。

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